Започването и провеждането на реформа в системата на здравеопазването е един от най-важните приоритети на екипа на Министерството на здравеопазването под ръководството на д-р Божидар Нанев. Това се казва в Отчета за дейността на МЗ за периода 1 август 2009 г. – 31 март 2010 г.

Основополагащ момент за извършването на реформа в здравеопазването е формирането на нова нормативна среда. В тази връзка бяха направени предложения за промени в Закона за лечебните заведения, Закона за здравното осигуряване и други нормативни и поднормативни актове. Изработването на Концепция за преструктуриране на болничната помощ в България и разработването и актуализирането на медицинските стандарти също имат важно значение за осъществяване на болничното преструктуриране.

Създаването на условия и критерии за по-добър контрол в системата е друг основен приоритет на екипа на д-р Божидар Нанев. В тази връзка беше учредена Агенция за медицински одит. Тя дава възможност за прилагане на европейските и световните принципи за безопасност на пациентите, за устойчивост на качеството и приложение на процесно-ориентирания подход на управление. Също така бяха въведени единни правила за провеждане на обществени поръчки от държавните лечебни заведения.

Прозрачността в управлението и осъществяваните политики от министерството е сред останалите приоритети на досегашното ръководство на институцията. Основен момент в реализирането на тази дейност беше сътрудничеството с пациентските и неправителствените организации.

В края на 2009 г. и началото на 2010 г. за пръв път министърът на здравеопазването призна две пациентски организации за национално представителни. Така се създаде реална възможност за осъществяване на граждански контрол в здравната система, за изграждане на гражданско общество и прозрачност при управлението. За по-голяма прозрачност в лекарствената политика бяха предложени промени в Закона за лекарствените продукти в хуманната медицина. Те са синхронизирани с европейските регламенти и са съобразени с правилата за добра дистрибуторска практика. Важно значение имат и правилата за регламентиране на съставянето на реимбурсен и позитивен списък на лекарства, както и създаването на Одитен комитет с участието на пациентите.

Огромно внимание беше обърнато и върху оптималното усвояване на европейските фондове и участие в проекти и програми. Досегашният екип на министерството разработи успешен проект по Оперативната програма за регионално развитие (ОПРР). Той дава възможност за усвояване на европейски средства и създаване на вискотехнологични болници във всеки от шестте икономически региона на страната.