Въпреки че е широко използван, 75% от нежеланите реакции към хранителни добавки, които са били докладвани на FDA, са свързани с аспартама. Тези реакции включват:  главоболие/мигрена, световъртеж, гърчове, гадене, мускулни спазми, наддаване на тегло, обриви, депресия, умора, раздразнителност, тахикардия, проблеми със зрението, затруднено дишане, паник атаки, световъртеж, загуба на паметта и болки в ставите.

Приема се още, че някои хронични заболявания могат да се задействат или влошат от приемането на аспартам. Пример: мозъчни тумори, множествена склероза, епилепсия, болести на Паркинсон и Алцхаймер, дефекти по рождение, диабет и т.н.

Във връзка с широката дискусия по повод неизясненото становище за употребата на аспартам д-р Антония Първанова призова по време на изслушване, организирано от групата на либералите в Европейския парламент, Европейската агенция по контрол на храните в най-скоро време да заеме позиция по заключенията на научните изследвания, предоставящи информация за токсичността на веществото и рисковете от консумацията му.

Предполага се, че подобно становище се отлага от доста време поради голямата вероятност от конфликт на интереси. Аспартамът е част от състава на почти всички масово разпространени подсладени безалкохолни продукти в мрежата, както и на голяма част от сладкарските изделия. Забраняването му или ограничаването на употребата му биха довели до сериозни загуби и сътресения за фирмите производители.